Năm Chí Chính thứ 28 (1368), triều đình nhà Nguyên đại loạn, khởi nghĩa nông dân khắp nơi. Nhân cơ hội đó, một nông dân tên Chu Nguyên Chương nổi dậy đánh đuổi triều Nguyên, dành quyền tự chủ cho người Hán, thiết lập nhà Minh trong lịch sử Trung Quốc rồi sai Từ Đạt kéo 25 vạn quân Bắc tiến tấn công vào kinh đô nhà Nguyên. Hoàng đế Nguyên Huệ Tông sai Khoách Khuếch Thiếp Mộc Nhi điều động binh lực nghênh chiến nhưng thất bại tan tác. Cùng đường, Huệ Tông mang quần thần và gia quyến chạy khỏi Đại Đô đến Thượng Đô, Mông Cổ. Tại đây, ông lập ra nhà Bắc Nguyên và xưng Khả hãn.

Năm sau (1369), Kỳ Hoàng hậu qua đời, không rõ bao nhiêu tuổi[24]. Cũng trong năm đó quân Minh đánh đến Thượng Đô, Huệ Tông phải chạy lên Ứng Xương. Sau đó, Huệ Tông vì kiết lỵ mà qua đời, Thái tử Ái Du Thức Lý Đạt Lạp kế vị, tức Nguyên Chiêu Tông, truy thuỵ hiệu cho bà là Phổ Hiển Thục Thánh Hoàng hậu (普顯淑聖皇后).